Atlas'ta yalnız etimolojisi yerel etimoloji sözlükleri ve tarihsel metinler okunarak hazırlanmış, bağımsız bir denetimden geçmiş ve Türkçenin tarihsel dönemleri kartındaki tanıkları tek tek doğrulanmış sözcükler yer alır. Yeni sözcükler işlendikçe atlasa eklenir.
Köken görüşleri asıl sahiplerine atfedilir ve benimsenen, olası, zayıf diye değerlendirilir. Altay kuramına dayanan karşılaştırmalar ayrıca belirtilir.
Biçim değişimleri, analizdeki tarihli biçimlerin çeviriyazı işaretleri korunarak harf harf karşılaştırılmasıyla çıkarılır. Her biçim kendi kolunun (Oğuz, Kıpçak, doğu) ya da ortak eski katmanın daha önceki yüzyıllardaki biçimleriyle karşılaştırılır; böylece farklı kolların biçimleri birbirinin devamıymış gibi gösterilmez. Aynı yüzyılın kaynaklarındaki değişkeler ve soy çizgisinde daha önce kaydedilmiş biçimler yeni bir değişim sayılmaz.
Yazım işaretinden doğan farklar (ḳ/k, ā/a, ġ/ğ), Arap harfli yazımın ayırt etmediği g/ğ, söz sonundaki ötümlü yazım (ḳurd ~ kurt) ve ek farkları ses değişimi sayılmaz. Meninski, Bianchi, Redhouse gibi Avrupalı sözlükçülerin Latin harfli yazımları (Meninski'de ḡ = c, ǵ = ince g, j = y, y = ı) okunuşa çevrilerek karşılaştırılır. Bu çıkarım kaynaklardaki biçimlerin karşılaştırmasıdır, ses yasası iddiası değildir.
Aynı yazılan ama ayrı sözcük olan maddeler (kurt I 'kurt hayvanı', kurt II 'kurtçuk') ayrı gösterilir; tanıkları ve sayıları birbirine karışmaz. Dönem sıklıkları, sözcüğe ait doğrulanmış tanıkların o dönemin metin büyüklüğüne oranıdır (milyon sözcükte).